במצב עניינים זה החליטו אולשן ודורי שלא להכריע איזו משתי הגרסאות שהוצגו בפניהם היא הנכונה. התיקו ערער קשות את מעמדו של לבון בקרב חבריו לממשלה ולמפלגה ובפברואר 1955 הגיש את התפטרותו.

הקנוניה מתגלית אך לא נחקרת

עד מהרה החלו להחשף פרטים מהקנוניה שרקם גיבלי: מחליפו בראשות אמ"ן, יהושפט הרכבי, דיווח כבר במאי 1955 כי זיופים מקיפים נעשו בחומר שהוגש לועדת אולשן-דורי אולם הממונים עליו - הרמטכ"ל דיין ושר הבטחון בן-גוריון - לא יזמו חקירה בנושא. אישים שונים אשר ידיעות אודות הקנוניה הגיעו עליהם ובהם ישראל גלילי, גולדה מאיר ופנחס ספיר, פנו אל בן גוריון לחקור מחדש את פרשת מצרים אך הוא השיב את פניהם ריקם.

התפתחות דרמטית אירעה בשנת 1957 עם מעצרו וחקירתו של אברי אלעד באשמת מגעים עם אנשי המודיעין המצרי. אז עלה לראשונה החשד כי אלעד שימש סוכן כפול כבר ב 1954 והסגיר את פקודיו לידי המצרים אך בהעדר ראיות חותכות לכך נשפט על עברות קלות יותר. בעת חקירתו בשב"כ התוודה אלעד על תפקידו המרכזי בקשר נגד לבון. גם גילוייו של אלעד לא הביאו לפתיחת חקירה מחודשת אודות "עסק הביש" ולפנחס לבון עצמו לא נמסר על גילויי אלעד ואפילו לא על מעצרו.

לבון פותח במאבק לטיהור שמו

במשך חמש שנים דומה היה כי פרשת מצרים נשתכחה לחלוטין אולם פנחס לבון, שמ- 1956 כיהן כמזכיר ההסתדרות, לא ידע מנוח לנפשו. בפברואר 1960 נפגש לבון בביתו עם קצין בכיר לשעבר באמ"ן שידע אודות זיופי המסמכים והיה מוכן להעיד על כך. מכאן החלו הדברים להתגלגל במהירות: לבון מסר את עדותו של הקצין לידי בן גוריון וזה הטיל על מזכירו הצבאי, אל"מ חיים בן דוד, לחקור בדבר. חקירת בן דוד העלתה כי אכן זויפו מסמכים הקשורים בכשלון במצרים. באוגוסט 1960 הורשע אברי אלעד בפגיעה בביטחון המדינה אך בית המשפט קבל את גרסתו שמפקדיו הדיחו אותו למסור עדות שקר בועדת אולשן-דורי. פסק הדין הוליד ועדה צבאית פנימית בראשות השופט חיים כהן, אך לבון קץ בענויי הדין: לדעתו די היה במה שהתגלה עד כה כדי לשמוט את הבסיס לפסק התיקו וממילא לטהרו מאשמה. בן גוריון דחה את פנייתו ולבון החליט לפרוש את סיפורו בפני ועדת החוץ והבטחון של הכנסת.