עסקן פוליטי, מזכיר מפא"י בתחילת שנות ה-60 אלמוגי היה מזכיר מועצת פועלי חיפה, והאיש שהפעיל את בריוני "פלוגות הפועל" בימי מהומות ואדי סאליב ובתקופת השביתה האלימה במפעל אתא. כמזכיר מפא"י בימי הפרשה פעל להתייצבות המפלגה מאחורי בן-גוריון, בין השאר על ידי "מסע התעוררות" בעל סממנים מובהקים של פולחן אישיות. בשבת ההדחה גייס את מנגנון המפלגה בעד כניעה לאולטימטום של בן-גוריון והדחת לבון. את הסתייגותיהם של אנשי הרוח משיטותיו פטר באימרה ש"כל הפרופסורים שווים פחות מחצי מעברה".

שר האוצר בימי הפרשה, לימים ראש ממשלת ישראל לאשכול היה מעמד מיוחד במפא"י כמפשר ומשכין שלום בית. בשיא סערת ה"פרשה", באוקטובר 1960, הציע אשכול פשרה לפיה יטוהר לבון בידי ראש הממשלה לשעבר שרת, (במקום בן-גוריון, שסרב לעשות זאת). בן-גוריון הכשיל פשרה זו, וכתוצאה מכך קמה ועדת השבעה שאשכול נמנה על חבריה הודות לקשריו הרומנטיים עם דליה כרמל, מזכירתו לשעבר של גיבלי, ידע אשכול מכלי ראשון על הזיוף שביצעה. הוא שידל את כרמל להעיד אמת בחקירותיה בפני היועץ המשפטי לממשלה ובכך איזן לחצים כבדים שהפעיל עליה גיבלי להעיד עדות שקר.   אחרי שועדת השבעה, ובעקבותיה הממשלה כולה,  ניקתה את לבון מאחריות ל"עסק הביש", ניצבו אשכול ומפא"י כולה בפני אולטימטום של בן-גוריון. אשכול נכנע, והוביל את המהלך להדחת לבון מתפקיד מזכיר ההסתדרות. בן-גוריון לא גמל בהכרת טובה בעת שאשכול היה ראש ממשלה – הוא תקף אותו ללא הרף ואף ניסה להדיחו באמתלה של הצורך בחקירה נוספת של ה"פרשה".

ראש הממשלה ושר הביטחון בימי הפרשה בסוף 1953 פרש דוד בן-גוריון מתפקידיו הציבוריים, והתיישב בשדה בוקר. לאחר התפטרותו של לבון (בפברואר 1955) חזר בן-גוריון לתפקיד שר הביטחון, ומספר חודשים אחר כך החליף את משה שרת  בראשות הממשלה. מייד עם שובו למשרד הביטחון, נודע לבן-גוריון מפי יהושפט הרכבי על הזיופים שנעשו באמ"ן ועל עדויות השקר שניתנו בועדת אולשן-דורי, אולם הוא לא פעל לטיהור מערכת הביטחון מהאלמנטים הפליליים שנתגלו בה. התביעה לחקירה חוזרת של "עסק הביש" הועלתה בפני בן-גוריון מספר פעמים על ידי בכירים במערכת הפוליטית, אך הוא סרב. בן-גוריון אף נמנע מלהודיע ללבון על הממצאים החדשים, ועל מעצרו של אברי אלעד וגילויו. במאי 1960 נענה בן-גוריון ללחציו של לבון, והטיל על שלישו הצבאי, חיים בן-דוד לחקור את עדותו של יוסי הראל בדבר המעשים הלא-כשרים שנעשו באמ"ן. אולם משהוגש דו"ח בן-דוד, ובו האשמות חמורות כלפי בכירים בצה"ל, לא נקף בן-גוריון אצבע. משהפכה פרשת לבון לנושא פוליטי התייצב בן-גוריון כנגד לבון, תוך שהוא מתאם מהלכים עם בנימין גיבלי. בן-גוריון תבע הקמת "ועדת חקירה משפטית" – מושג שלא היה קיים כלל בחוק. יש לציין כי היה זה בסמכותו של בן-גוריון (אז ולפני כן) להקים ועדת חקירה בכל הרכב שייבחר, וללא אישור הממשלה, אך הוא העדיף שלא לעשות זאת. לפיכך החליטה הממשלה על הקמת ועדת השבעה, תוך שבן-גוריון נוטל חלק בקביעת הרכב הועדה. משהחליטה הועדה, ובעקבותיה הממשלה כולה, על זיכויו של לבון הודיע בן-גוריון על התפטרותו. הוא תבע את הדחת לבון מראשות ההסתדרות ומחברותו בכנסת, באומרו כי "לא ישב במחיצה אחת עם האיש הזה". למרות שמפלגתו בחרה להיכנע לסחטנותו, המשיך בן-גוריון בשנים הבאות להמטיר חרפות וגידופים על חברי ועדת השבעה (בהם נאמניו הפוליטיים מזה שנים). לאחר מספר שנים סוערות, ובעידודו של שמעון פרס, עזב בן-גוריון את מפא"י והקים את רפ"י. תנועה זו נחלה כישלון צורב בקלפי, ובן-גוריון מצא עצמו במדבר הפוליטי.

מנכ"ל משרד הביטחון בימי "עסק הביש" וסגן שר הביטחון בימי ה"פרשה" כמנכ"ל חתר פרס בלא לאות להדחת לבון מתפקידו, בין השאר על ידי הדלפות שיטתיות לעיתונות והפצת שמועות שקריות. על שיטותיו של פרס העיד יצחק רבין: "כמה מן הדמויות שהשחיזו סכיניהם על לבון אימצו לעצמם את שיטות האינטריגה והחתרנות, ועשו בהן שימוש בזוי גם בשנים מאוחרות יותר". במסגרת מאבקו בלבון, מסר פרס בפני ועדת אולשן-דורי "עדות אופי" שלילית במיוחד על השר הממונה עליו, ואף סרב בתוקף להרשות ללבון לקרוא את תוכן עדותו. ניסיונותיו של לבון להדיח את פרס לא צלחו, שכן מסקנות הוועדה ערערו קשות את מעמדו והוא עצמו נאלץ לעזוב במהרה את תפקידו. בימי ה"פרשה" היה פרס הגורם האקטיבי ביותר בדחיפתו של בן-גוריון להיות צד כנגד לבון, מתוך אינטרס אישי. יותר מכל אדם אחר, פרס אחראי להקמת רפ"י, ולכך שבן-גוריון סיים את דרכו במדבר הפוליטי.

ראש הממשלה ושר החוץ בתקופת "עסק הביש" בשנותיה הראשונות של המדינה עמד שר החוץ שרת בראש האסכולה שהעדיפה התמודדות עם בעיות הביטחון בכלים דיפלומטיים על פני פעולות תגמול צבאיות. מדיניותו זו לוותה בחילוקי דעות קשים עם בן-גוריון. גם התקופה בה כיהן שרת כראש ממשלה (1954-1955) התאפיינה בניגודי מדיניות חריפים עם שרי הביטחון (תחילה פנחס לבון ואח"כ בן-גוריון). בשנת 1956 הרחיק בן-גוריון את שרת סופית מממשלתו, ובכך נסללה הדרך למבצע סיני. עם כשלון פעולות "עסק הביש" במצרים קבע שרת כי מדינת ישראל תכחיש כל קשר למעשים אלה. דעת הקהל בארץ אכן שוכנעה שמדובר בעלילה מצרית, אך מדיניות זו הכבידה מאוד על חקירת "עסק הביש": ועדת אולשן-דורי, אותה הקים שרת על פי דרישת לבון, קיימה חקירה מקוצרת ומוגבלת תחת מעטה חשאיות כבדה, ולא הצליחה לרדת לחקר האמת.   באוקטובר 1960, כשפרצה הסערה הציבורית סביב ה"פרשה", הצהיר שרת בפומבי כי העובדות החדשות שנתגלו מסירות מעל לבון את אשמת מתן ההוראה. שרת היה הבולט במנהיגי מפא"י שהתייצב כנגד הדחת לבון מראשות ההסתדרות. בהיותו בעל מעמד ציבורי של "סמכות מוסרית" נודע משקל רב לעמדתו לפיה "לא האמת והצדק הם נר לרגלנו, אלא הפחד והחשבון" (מפני איומיו של בן-גוריון).