​

כזכור, לבון הוא שתבע את הקמתה של ועדת אולשן-דורי, בהיותו משוכנע שצדקתו תצא לאור. עקב מסכת הזיופים ועדויות השקר שנמסרו לועדה, הגיעו אולשן ודורי לפסק דין של תיקו:

"לא שוכנענו כי ראש אמ"ן לא קיבל הוראות משר הביטחון, עם זאת איננו בטוחים כי שר הביטחון אמנם נתן את ההוראות המיוחסות לו".

מסקנת תיקו זו הכתה את לבון בתדהמה: הועדה התעלמה, לדעתו משקרים שקופים והתייחסה לזיופים כאל מסמכים אותנטיים. ההכרה שהאמת נכנעה לשקר צרבה בבשרו, והוא לא הצליח להבין כיצד אחרים אינם רואים זאת. למעלה משש שנים יעברו עד שיוכח כי כל טענותיו של לבון היו מוצדקות. לבון ביקש לקבל לידיו את רישום העדויות בפני הועדה, אך שרת סרב (על פי בקשת שמעון פרס) להעביר חומר זה לידיו. לבון הבין כי עדותו של פרס הייתה מסכת השמצות המכוונת נגדו, ומטרתה להשחיר את פניו בעיני הועדה. לפיכך הוא החליט שאין הוא יכול להמשיך ולעבוד עם מנכ"ל החותר בגלוי להדחתו, תוך הפצת שקרים ושמועות שווא.

בזאת לא תמו ייסוריו של לבון: ב-31.1.1955 הוצאו להורג בקהיר הד"ר משה מרזוק ושמואל עזאר, ומצפונו ייסר אותו על כך. הוא היה מוכן לשאת באחריות המיניסטריאלית לנעשה במשרד הביטחון, אך סרב לקבל את האשמה הישירה לפעולה שלא הורה עליה, ושהובילה להתאבדותו של הסוכן החשאי מקס בינט, להעלאתם לגרדום של שניים ומאסרים ממושכים לששה נוספים.

ראשי מפא"י ירדו לשדה-בוקר על מנת לשכנע את בן-גוריון שיחזור לממשלה ויקבל על עצמו את תפקיד שר הביטחון. לבון נוכח לדעת כי אבד האמון כלפיו בצמרת מפא"י. ב-2.2.1955 הוא הגיש למשה שרת מכתב התפטרות ובו כתב:

"במשך שבועות רבים הוחזקתי במצב של מנודה, לא אתה ולא חבר אחר ניסיתם לשוחח איתי – כאילו הייתי חולה מגונה, אשר יש השמח לקצו הקרוב ויש היוצא ידי חובתו במנוד ראש.
בהתנהגותך ובהתנהגות חברים אחרים הוצאתם אותי באופן שיטתי מכלל החבורה ומכלל האחריות המשותפת. נהגתם בי כפי שנוהגים בפגע רע, שאין יודעים איך לסלקו במינימום של סיכון. התנהגות זו משחררת אותי משארית רגש החובה והאחריות ההדדית. לא רק אתם חופשיים – גם אני חופשי. הנני בא להודיעך: איני מוכן עוד להיות חבר לאנשים שחיסלו את חברותם איתי.
הנני שומר לעצמי את הזכות להביא לידיעת המפלגה וועדת החוץ והביטחון של הכנסת את נימוקי התפטרותי. אינני מוכן לשאת לאחריות בעניין המצרי בפני הציבור ושום משמעת מפלגתית לא תחייבני לשאת באחריות זאת".

תחילה דחה שרת את התפטרותו של לבון ושרי מפא"י קיימו סדרת דיונים קדחתניים בנושא. לבון אמר לחבריו: "הבה נהיה גלויים – אינכם בטוחים ביטחון גמור בצדקתי", וב-17.2.1955 התפטר סופית.

מאחר וישראל הכחישה קשר לפעולות במצרים, הודיע שרת רשמית כי ההתפטרות נבעה מדחיית הצעות לבון לשינויים במבנה מערכת הביטחון. אך בישיבת הממשלה ובפני ועדת החוץ והביטחון של הכנסת הסביר לבון כי הגורם האמיתי היה פרשת מצרים. הוא אמר:

"הנני מודיע לכם בכל התוקף המוסרי שאדם מוכשר לו שהפעולות במצרים לא נעשו באישורי או בידיעתי. החקירה שנעשתה על פי דרישתי נסתיימה לצערי בתיקו. אבל מותר לי להגיד שעצם העובדה שלא השתמשתי בסמכויותיי כשר ועשיתי את הצעד הבלתי רגיל של תביעת חקירה ממין זה מוכיחה שלבי היה מלא ביטחון בצדקתי".

לבון ציין בממשלה כי הוא נושא באחריות המיניסטריאלית, והביע ביטחון כי "במוקדם או במאוחר יתגלה בצורה שאינה משאירה מקום לספק שאין זו אלא עלילה שפלה".

כך עזב לבון את משרד הביטחון, כאשר הוא נושא עמו משא כבד של מרירות כלפי חבריו השרים ותחושה (מוצדקת) שנפל קורבן למעשים פליליים. כאשר תיחשף הקנוניה נגדו יתבע לבון את זיכויו הציבורי מהמערכת הפוליטית שהפנתה לו עורף בשנת 1955.