גם דבריו של לבון הודלפו לעיתונות. ההדלפות באו הן מצד תומכי לבון והן מקרב מתנגדיו, והביאו ליצירת מחנות עיתונאיים: "מעריב" ו"דבר" נקטו קו ברור בעד לבון, בעוד "ידיעות אחרונות", "הארץ" ו"הג'רוזלם פוסט" התייצבו נגדו. בשלב זה התייצבו צעירי מפא"י, ובראשם דיין ופרס, כנגד לבון. כעת הפך גם בן-גוריון לצד פעיל והטיל את מלוא כובד משקלו כנגד לבון.

בן גוריון נגד לבון

במקביל להופעתו של לבון בוועדה סיכמה ועדת השופט חיים כהן ב 15.10.1960 את חקירתה, וקבעה כי ההוראה לפעולה במצרים ניתנה כבר בסוף מאי, הרבה לפני התאריך בו נתן לבון, כביכול, את ההוראה. הועדה גם אישרה כי גיבלי ובן-צור חברו יחדיו למסור עדויות שקר בועדת אולשן-דורי, ולהדיח אחרים לתת עדויות שקר. בעוד שרים, חברי כנסת והציבור כולו מחכים בכיליון עיניים לשמיעת המסקנות, החליט בן-גוריון להעלים את המסקנות (אף מעמיתיו השרים!) בטענה של חשש לפגיעה בביטחון המדינה. בכך ניסה בן-גוריון ליצור את הרושם כאילו חשיפת הקנוניה על ידי לבון פוגעת בביטחון המדינה.

בן-גוריון ניסה כעת מהלך משלו: הוא פנה אל היועץ המשפטי לממשלה, גדעון האוזנר, בסדרת שאלות הנוגעות למסקנות הועדה. כפי שמודגם בהרחבה במקום אחר, ניסוח השאלות היה מגמתי ומחושב ואילו השיב עליהן האוזנר בכן או לא היה מסייע ליצירת רושם כי מסקנות הועדה אינן משרתות במאומה את מאבקו של לבון. היה זה מהלך נפל: האוזנר השיב במפורט על השאלות שהוצגו לו וכך נודע לציבור הרחב לראשונה כי חקירה מוסמכת אישרה במלואן את טענות לבון בדבר הקנוניה שנרקמה נגדו. בהתייחסו לשאלה "מי נתן את ההוראה" קבע האוזנר כי על פי חומר הראיות אפשר להגיע למסקנה שונה מהתיקו של אולשן-דורי.

בניגוד לדברים שאמר ללבון רק שלושה שבועות קודם לכן, ובניגוד למתחייב מההגיון הפשוט, נמנע בן-גוריון מלנקוט צעד כלשהו כנגד גיבלי. נהפוך הוא: גיבלי ועורך דינו הוזמנו אל בן-גוריון, דו"ח ועדת כהן נמסר להם, והשלושה תיאמו צעדים להמשך.

לא ניתן להבין את צעדיו אלו של בן-גוריון אלא בהחלטה נחושה שקיבל להלחם בפנחס לבון בכל מאודו. סביר כי ההדלפות מדברי לבון בועדת החוץ והביטחון, בהם גם דברי ביקורת כנגד בני טיפוחיו של בן-גוריון – דיין ופרס – העלו את חמתו והפכו את לבון לאויב ממש בעיני בן-גוריון.

פשרת אשכול – הזיכוי שנדחה

האדם האחרון שהופיע בועדת החוץ והביטחון של הכנסת בנושא "הפרשה" היה סגן שר הביטחון, שמעון פרס. עדותו של פרס הייתה רצופה התחמקויות, רובן בחסות חשאיות ביטחונית, והותירה רושם קשה על השומעים. חברי ועדת החוץ והביטחון מצידם ביקשו להרחיב את הדיון אם מתוך רצון למלא את חובתם הציבורית ולפקח על מערכת הביטחון, ואם מתוך רצונם של אנשי האופוזיציה להגדיל את הקרעים שנתגלו במפא"י. למזלו של פרס הדיונים הופסקו בטרם ניתנה לכל חברי הועדה אפשרות להציג את שאלותיהם: צמרת מפא"י הגיעה למסקנה כי הפרסומים בעיתונות ומעורבותם של אנשי האופוזיציה בועדה גורמים נזק רב למפלגה.

שר האוצר, לוי אשכול, היה באותה תקופה הדמות המפשרת במפלגה, ונהנה מעוצמה פוליטית לא מבוטלת. במאמץ להרגיע את הרוחות העלה אשכול הצעת פשרה: היות ובן-גוריון מסרב לתת ללבון את הזיכוי הציבורי שהוא תובע, יש למצוא גורם רב משקל אחר שיספק את הזיכוי. ראש הממשלה לשעבר, משה שרת, היה הגורם המתאים ביותר למשימה, בהיותו ראש הממשלה בעת העסק הביש, ובשל המוניטין שיצאו לו כסמכות מוסרית. שרת, שעדיין נטר ללבון על יחסיהם העכורים באמצע שנות החמישים, פרסם ב-25.10.1960 הודעה שכללה את המשפט הבא:

"אילו היו ידועות אז העובדות שנקבעו על ידי ועדת כהן היתה בהן הוכחה כבדת משקל כי האשמה שהוטלה על פנחס לבון לגבי האחריות הישירה לפרשה היא אשמת שווא"

לבון לא שבע נחת מנוסח הזיכוי בו בחר שרת, אך קיבל עליו את הדין למען שלום בית. גם בן-גוריון הודיע כי "יותר לא אתעסק בפרשה נאלחה זו אלא אם כן אצטווה על כך על פי חוק".

לכאורה הייתה הפרשה צריכה להגיע בזאת לכדי סיום. אלא שיומיים אחר כך (ב-27.10.1960) חידש בן-גוריון את פעילותו הפוליטית בפרשה, ושב להטיל על לבון את האחריות לעסק הביש. הויכוח התלהט מחדש, תוך שתומכי בן-גוריון מאשימים לראשונה במישרין את לבון במתן ההוראה לפעולה במצרים. כל החקירות שנערכו בשנת 1960 והוכיחו את צדקת לבון – חקירת חב"ד, פסק הדין של בית המשפט, ועדת כהן וחוות דעת היועץ המשפטי לממשלה - לא שכנעו את בן-גוריון וחסידיו, והם תבעו חקירה נוספת. הנושא הועבר להכרעת הממשלה.